Универзитетот „Гоце Делчев“ започна со 7 факултети и една висока школа, и тоа: Правен факултет, Економски факултет, Педагошки факултет, Факултет за рударство геологија и политехника, Земјоделски факултет, Факултет за информатика, Факултет за музичка уметност и Висока здравствена школа.
Од студиската година 2008/09 г., во состав на Универзитетот се и 6 (шест) нови факултети: Факултет за медицински науки, Филолошки факултет, Електротехнички факултет, Машински факултет, Технолошки факултет и Факултет за туризам и бизнис логистика.
Во првата студиска година на Универзитетот се запишаа 1300 студенти.